建文四年六月十三，因为燕王朱棣(王学圻 饰)带兵攻城，瞬间天地大变，南京城化成一片火海，所有人都着急着逃生。御史大夫景清在安排家人离开的同时，着急着见建文帝朱允文，想给朱允文指一条逃生之路，因为先帝曾让刘伯温留下了两件法宝，他必须让朱允文去取出来逃生。朱允文听了景清的话，去朱元璋的画像前，拿出了逃生的法宝，将自己落发为僧。朱棣攻下了南京城，成为了新一代君王，他于是改年号为永乐。朱棣想要登基为帝，特意要求侍讲方孝儒给他写一份登基榜文，可方孝儒不肯，当即就被朱棣给诛杀了。朱棣登基，屠杀建文伯臣，景清自知自己难逃一死，他只能在死前把自己的两个女儿拜托给将军孙愚。就在孙愚要护送景清的女儿之时，朱棣的屠杀开始，在一片混乱之下，孙愚无法带走两个女儿，只能抱走其中一个。朱棣想要让他的孙子朱瞻基(朱亚文 饰)看到屠杀的这一幕，让朱瞻基成长，于是让他坐在大殿前看这场大屠杀，朱瞻基因此救下了景清的小女儿。宫里的女官胡尚仪看到了侥幸活下来的景清小女儿蔓茵，她本想将蔓茵送去浣衣局，可看到蔓茵可爱便留下了蔓茵，并将其改名为胡善祥(邓家佳 饰)。蔓姝想要找到妹妹蔓茵，可那里已成一片废墟，她没有办法只能跟着孙愚离开，从此与他相依为命。十年后，孙愚带着改名为孙若微(汤唯 饰)的曼姝，以及其他对朱棣恨之入骨的人进了京城，想要刺杀朱棣报仇。孙愚策划一切，准备在朱棣凯旋之际，将其诛杀，可没想到尽管他安排得天衣无缝，可还是失败了，因为朱棣并没有乘坐自己的座架而归。聂兴(洛桑念扎 饰)是首当其冲的刺杀者，在刺杀朱棣之际，被当场擒获，孙愚只能带着伤心的孙若微离开现场。朱棣一回宫，就马上把太子朱高炽(梁冠华 饰)和汉王朱高煦(俞灏明 饰)叫来见驾，生气地怒骂了监国不利的朱高炽，让朱高炽不知道怎么办才好。朱瞻基见朱高炽被朱棣问罪，便小心翼翼地帮朱高炽说话，想要让朱棣收回在城内大肆收捕的决定，可朱高煦却不答应。朱棣见朱高煦想要兵权，便派兵给朱高煦，让朱高煦放手去搜捕一回，让朱瞻基听了甚是疑惑。朱棣知道朱高煦所做的，是扰民之举，并不会有什么收获，但他故意要这么做，就是想要秘密派朱瞻基去调查此事，好把朱允文的余党以及朱允文给找出来。孙愚把孙若微带回了家，孙若微正为了那些跟她从小一起长大的聂兴他们死于当场不值之时，朱瞻基带人上门搜捕了。朱瞻基看到来开门的孙若微眼里带着泪花，料定她哭过了，看到她如此懂行道地招呼着锦衣卫的人，让他对孙若微甚是怀疑。孙若微借口，是孙愚病重又喝了酒，让她很担心，所以才哭的。孙若微找了理由之后，找机会走开，没想到一个不小心踩到一根弩箭，她吓了一大跳，差点就惊动了朱瞻基。朱瞻基看出孙若微是女扮男装，也看到了弩箭，但他并不想识穿孙若微，只草草收兵，约孙若微去听雨轩见面。朱瞻基刚回宫，就听到朱高煦和朱高炽为行刺的事情争论，他于是上前帮朱高炽，说明他被朱高炽派去查案，就想知道是否有人牵扯其中。朱瞻基说明了他的任务之后，便又要求朱高煦，把那个提前知道行刺计划的密探带来，给他审一审。